Un arrêté préfectoral désigne le comité de pilotage pour chaque site. Il est à l'initiative de la DDTM76 ou de la DREAL, gestionnaires des sites.
Le Comité de pilotage se compose des collectivités territoriales et des groupements concernés par le territoire couvert par le site et les représentants de l'Etat. Iil comprend en complément les représentants de propriétaires, d'exploitants et les utilisateurs des terrains et espaces du site Natura 2000.
Le Président de Copil est élu lors d'une réunion de Copil. C'est le Préfet qui convoque les collectivités territoriales et leurs groupements pour cette élection après avoir réalisé à leur attention un appel à candidatures.